La Basse-Normandie chevauche deux grands bassins, le bassin Loire-Bretagne et le bassin Seine-Normandie. Les mesures de gestion des milieux aquatiques sont donc portées par les deux agences de l'eau respectives. Chaque agence est autonome en matière de définition de ces modalités d'aide et dans l'élaboration de ses outils techniques et financiers.
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L’ensemble des outils existants de protection de la nature sont mobilisables au profit des zones humides (réserves naturelles, arrêtés de protection de biotope, zones de protections spéciales, sites Natura 2000, réserves de chasse, de pêche...). D’importantes zones figurent aux programmes d’intervention foncière du Conservatoire de l’espace littoral ou des Conseils généraux (Politique de protection des espaces naturels sensibles).
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